科学和信仰的对立往往被简单处理为绝对的对立。科学研究自然界，以感觉经验（严格来说是实验观察事实）为基础；而信仰追求超自然存在，凭信心和启示。这就导致了科学和宗教信仰的对立。
这种对立在欧洲思想史上经历了三个阶段：伽利略──牛顿力学兴起之时，宗教力量强大，科学思想受到压抑，如伽利略被强迫放弃他关于宇宙的科学见解。这段历史 一直被宣扬为宗教逼迫阻碍科学发展的见证之一；第二阶段乃为牛顿力学被广泛接受时期，约十七世纪到十八世纪中叶。由于科学的不断胜利，宗教对自然的认识让 位于科学，转而保守自己的信仰于道德领域；到十八世纪下半叶，特别是十九世纪，科学的全面胜利，宣称牛顿力学已经达到最终真理，关于自然的基本知识构架已 经完成，只剩下一些扩充、增补、运用的工作。这便是第三阶段。在这个阶段，任何和科学不一致的学说、观点、立场都被宣判为迷信，予以抛弃。宗教信仰的超科 学立场不免受到强烈冲击。这也就是科学主义的最早形式。科学主义隐含了两个教条：其一，牛顿力学（或其它被普遍接受的科学理论）已经揭示了最后真理。其 二，科学发展动力在科学自身内部。这第二点是第一点的自然结论：既然科学揭示了最后真理，那么，科学发展的动力就只能在科学自身。否则，如果承认科学之外 另有动力（不能为科学所规范），这就说明别有真理。
在这里，我想对科学主义的这两个教条进行一些分析。我主要关心的是，追随科学主义真的能够带来科学发展吗？伽利略给我们的启发我们知道，伽利略乃近代科学之 父。他率先提出数学──实验方法，使科学发展有了可靠的方法。因此，分析他的科学研究可以帮助我们认识科学发展的内在动力。
伽利略生活在宗教气氛浓厚的十六、十七世纪。当时关于自然的认识一般以亚里士多德的物理学和托勒密的地心说为准，与此同时还有柏拉图主义的复兴。柏拉图的晚 期著作《蒂迈欧》关于宇宙结构的数学解释是一个谜。柏拉图认为宇宙本质是一种数学关系。但是，这一看法和人的经验出入太大。与此相对应，亚里士多德重视感 觉经验，认为柏拉图的宇宙──数学思想是一种神话，不能得到经验支持。这种重视感觉经验的物理学被广泛接受。
柏拉图和亚里士多德都对伽利略有深刻影响。作为柏拉图主义者，伽利略坚信宇宙的本质是一种数学关系。在他的信仰中，神是造物主。神在创造这个世界时，出于他自身的完善性，必然赋予这个世界一种完善的关系。这就是数学关系。
作为亚里士多德主义者，伽利略又非常重视经验支持。也就是说，人们可以对自然过程的数学关系进行研究并提出假设，进而把这一假设应用于自然过程（设计实验） 以求证实。这便是数学-实验方法。我们知道伽利略的著名的斜塔实验。当时的落地定律是亚里士多德的重者快轻者慢定律：一根鸿毛和一块石头同时从高处落下， 容易观察到石头下降快于鸿毛。按照这一定律，我们可以计算出下降速率和物体重量的数量关系。然而，当伽利略企图给出这种数量关系时，却发现下降速率和物体 重量没有关系。伽利略还做了许多其它实验，他的研究和观点，使他和古代权威相冲突。
伽利略研究自然的动机是追求真理，其中完全没有功利因素。什么是真理？在他心中，真理就是关于神的知识。神创造了这个世界，神用数学造世界。人类智力有限， 不可能完全把握宇宙的完整数学模型，但人们可以通过对具体自然过程的深究而揭示其中的数学关系，并通过实验而加以证实。人们关于自然的科学知识和神的知识 相比当然是微不足道的，但他深信，人的科学知识是神的知识的一部分，因而也是神圣的，也是真理。追求这样的真理便是伽利略科学研究的动力。
回顾伽利略的科学研究活动，有两点需要特别提出来讨论：首先，我们注意到伽利略的科学研究和当时梵蒂岗教庭的冲突。这一冲突被理解为科学和信仰的冲突。但我 们发现，伽利略的思想充满了信仰。他追求神创造世界的奥秘。没有这个信仰，他的科学研究就是无聊之至了。实质上，我们所看到的冲突，不过是他和古代权威的 对立。当时梵蒂岗把古代权威奉为神意，这已经证明完全是错误的。
其次，伽利略的科学研究完全和功利无关。在中国近现代史上，我们遇到一股强劲的科学主义思潮。这一思潮认为科学能够强国。不难发现，它具有浓厚的功利性质。 由于它的功利性质，人们在引进西方科研成果，或自己进行科学研究时，一直是以功利为中心，即功利成为科研的动力。不幸的是，人们至今仍未认清，功利崇拜是 中国几千年来科学无法进步的根本障碍。对于像苹果落地这些司空见惯的自然现象，从功利的角度看，追求其中的数学关系纯属无聊。要超越现有知识，就必须有一 股引导突破现有知识的力量。在伽利略那里，这就是神的力量。也就是说，伽利略从对神必然创造完善的世界这一信念为出发点，才突破了亚里士多德物理学。这 里，我们清楚看到了神在近代科学兴起中的关键作用。
牛顿力学的发展改变了人关于自然的图像。渐渐地，它被当作绝对真理。到了十九世纪，牛顿力学的权威完完全全树立了起来。于是，人们在判断一种学说的真假时， 主要是看它是否和牛顿力学相一致。人们小心谨慎不使自己和牛顿力学相对立。十九世纪下半叶的大名鼎鼎的科学家洛伦兹，为了解释光速不变现象，几乎达到相对 论力学，但他把计算出来的公式视为幻象。当爱因斯坦提出他的相对论力学时，当时科学界的泰斗们把它当作神话。
我们注意到，人们谈论科学时，指的是现成的普遍接受的科学理论。如果有人提出一种和现成科学理论相左的学说，便不是科学，充其量不过是一种假设。关于科学假 设，一般有两种类型：一种是运用现成科学理论去推导未知现象。由于它的基础是现成科学理论，因而可用实验加以检验。这类假设一般认为属于科学；另一类是对 现成科学理论进行否定的假设。从现代科学立场出发，这类假设是反科学的，不能接受。但是，随着时间推移，这类假设被接受了。如爱因斯坦力学。这种从反科学 到科学的转变，揭示了科学发展中具有某种非科学或超科学因素。
科学发展中的非科学因素在当代科学哲学中已经清楚揭示了出来。我在这里只想提出一个方面来讨论，即，假设的提出机制问题。
很明显，当一个人的思想完全服从一定的科学理论时，他将不可能迸发出一个对这一定科学理论进行否定的假设。即使他发现一个问题用现成理论无法解释，由于现成 理论被奉为绝对真理，他所能做的只能是在现成理论的基础上思考解决答案，如前面提到的洛伦兹现象。但是，超出这一定的科学理论，展现给他的是空无境界，无 所依靠。在这里，他的思考失去了立足之地。爱因斯坦常常谈论这种空无境界。他也称之为思维真空，并认为他就是在这个境界中发挥自由创造性而提出相对论力学 原则的。
当然，通过人的努力就能进入这种空无境界，如佛教的坐禅空化工夫，但是，如果没有某种神奇力量的帮助，空无境界给人带来的只能是空无而已。人可能由于失去依 靠而恐惧，并失落而回到原来的立场上。爱因斯坦在谈论思维真空时，一直忘记提及他的信仰：普遍必然性，即上帝不会掷骰子。他坚信有一个绝对真理存在，但它 不是牛顿力学，而是一种能够解释一切自然现象的力量。这一力量是他在思维真空时得以升华并超越牛顿力学的关键。也就是说，这一力量通过他的信仰而使他有足 够的信心在思维空间对牛顿力学进行超越。
这里我们看到，当人们把信仰指向某一有限物时，在有限的范围内，它能够发挥它的力量，使人的思想升华。但超出这一范围，它就只有拖后腿的作用。使科学得以生生不息地发展、超越、升华的力量是什么呢？显然，它必然是无限的。这就是神的力量。神并不是仅仅高高在上，与人间生活无关。他要拯救人类，使人的信仰联结 到真正的真理，即神自身。于是，人的思想得以摆脱一定思想体系的束缚，获得自由，并得以超越、创造、升华。这便是科学发展的最终源泉。这是永不枯竭之泉。
通过考察伽利略和爱因斯坦的科学研究活动，我们再来看看科学和信仰的关系。科学主义完全排斥科学以外的因素对科学发展的作用，尽管好象是完全尊重科学，结果却是限制了科学的发展。相反，信仰指向超自然存在，超越了现成科学理论，却给科学带来进步。看来，问题并不是科学和信仰的对立，其实，是两种信仰之间的对立。当人们崇拜一定的科学理论时，如十九世纪科学家对牛顿力学的态度，人们实质上是把信仰指向一个有限物，并奉为绝对。这种崇拜已经证明是科学发展的敌 人。作为基督徒，我深信科学发展离开了基督信仰就必然失去动力。因为耶稣道成肉身来到人世间，目的是要把神的救恩带给人类。人们对科学的追求，脱离这救恩 的话，乃是决不可能的，既不可能给科学研究带来创造性，也不可能使科学造福人类。
